معاونت پژوهش مدرسه علمیه المهدی (عج) به منظور بالابردن سطح علمی طلاب با امر تحقیق و پژوهش، انگیزه‌پروری، مطالعه، درک عمیق مطالب و بن‌نگری و تفکر، اقدام به برگزاری میزگرد تخصصی خانواده‌ی توحیدی، نشست‌های علمی، کارگاه‌های مقاله‌نویسی، جلسات پرسش و پاسخ و…نموده‌ است.